گرفته بود ، در رديف اصول عقايد مذهبی قرار داد و مخالفت با آن " علوم‏
رسمی " را جايز نمی شمرد ، بلكه به شدت با مخالفان آن عقايد مبارزه‏
می‏كرد .
ما فعلا به مسأله آزادی مذهب و عقايد مذهبی و اينكه اصول عقايد مذهبی‏
اجبارا بايد آزادانه مورد تحقيق واقع شود و گرنه با روح مذهب كه هدايت‏
و راهنمايی است منافی است ، كاری نداريم . اينكه اصول دين بايد تحقيقی‏
باشد نه تقليدی و يا تحميلی ، تزی است كه اسلام طرفدار آن است ، برخلاف‏
مسيحيت كه اصول دين را برای عقل ، " منطقه ممنوعه " اعلام كرده است .
خطای عمده كليسا در دو جهت ديگر بود : يكی اينكه كليسا پاره‏ای‏
معتقدات علمی بشری موروث از فلاسفه پيشين و علمای كلام مسيحی را در رديف‏
اصول مذهبی قرار داد و مخالفت با آنها را موجب ارتداد دانست ، ديگر
اينكه حاضر نبود صرفا به ظهور ارتداد اكتفا كند و هر كس كه ثابت و محقق‏
شد مرتد است ، او را از جامعه مسيحيت طرد كند ، بلكه با نوعی رژيم‏
پليسی خشن در جستجوی عقايد و مافی الضمير افراد بود و با لطائف الحيل‏
كوشش می‏كرد كوچكترين نشانه‏ای از مخالفت با عقايد مذهبی در فردی يا جمعی‏
پيدا كند و با خشونتی وصف ناشدنی آن فرد يا جمع را مورد آزار قرار دهد .
اين بود كه دانشمندان و محققان جرأت نداشتند برخلاف آنچه كليسا آن را
علم می‏داند بينديشند ، يعنی مجبور بودند آنچنان بينديشند كه كليسا
می‏انديشد . اين فشار شديد بر انديشه‏ها كه از قرن 12 تا 19 در كشورهای‏
فرانسه ، انگلستان ، آلمان ، هلند ، پرتغال ، لهستان و اسپانيا معمول بود
، بالطبع عكس العمل بسيار بدی نسبت به